Les mouches mineuses causent des dégâts directs et indirects aux cultures. Les dégâts directs sont le plus souvent les galeries creusées par les larves. Elles nuisent à l’aspect ornemental des plantes et entraînent le flétrissement et la chute prématurée des feuilles. Dans les régions (sub)tropicales, les altérations peuvent se traduire par des brûlures sur les fruits, comme c’est le cas pour les melons et tomates. La chute des feuilles entraîne en général une baisse de rendement. En cultures légumières, cependant, on s’aperçoit que les plantes les plus âgées peuvent voir une grande partie de leurs feuilles être endommagées sans que le rendement en soit pour autant affecté.
Plus la larve vieillit, plus la galerie est grande. Les piqûres nutritionnelles provoquées par les femelles adultes peuvent aussi, mais dans des proportions moins importantes, réduire les rendements de culture. Cela ne s’applique pas aux cultures ornementales. Des attaques sur jeunes semis et jeunes plantes peuvent entraîner leur anéantissement pur et simple.
En cultures de gerberas, on observe que la larve de la mineuse serpentine américaine (Liriomyza trifolii) creuse ses galeries à partir de l’endroit où sont déposés les œufs. Les cloisons des galeries se rejoignent, formant des galeries mitoyennes. La géométrie des galeries diffère selon les cultures. Ce critère n’est donc pas vraiment valable pour l’identification de l’espèce.
Les dégâts indirects interviennent lorsque des bioagresseurs cryptogamiques ou bactériens pénètrent dans les tissus de la plante à partir des piqûres nutritionnelles.